По смерти патриарха Адриана в 1700 году Пётр I воспретил избрание нового Патриарха и по прошествии 20 лет учредил Духовную коллегию, вскоре переименованную в Святейший синод, который, являясь государственным органом, исполнял функции общецерковного управления с 1721 по январь 1918 года, — с императором (до 2 марта 1917 года) в качестве «крайнего Судии сей Коллегии».

Вплоть до времени Всероссийского Поместного собора 1917—1918 годов основным внешним (государственно-правовым) регулирующим документом для Церкви являлся Духовный Регламент 1721 года, а позже также Устав духовных консисторий.

В результате церковной реформы Петра I духовенство к середине XVIII века превратилось в замкнутое сословие, доступ в которое лиц из прочих сословий в интересах государственной службы и тягла был сильно затруднён. Возникшая при Петре система духовных школ (семинарий и духовных училищ) также носила сословный характер. Образование устроялось по малороссийскому образцу: господствовала латынь (и как предмет, и как язык обучения) и схоластика. Внедрение школьного образования для детей духовенства шло с чрезвычайным трудом и встречало массовое сопротивление.

В 1763 и 1764 году рядом указов были упразднены монастырские вотчины и введены штаты для некоторых оставляемых монастырей, а также всех епархий, которые были разделены на три класса с определённым содержанием и предписанным составом. В результате Церковь перестала играть роль важнейшего субъекта социально-экономической жизни страны. Духовенство потеряло финансовую независимость и оказалось на содержании государственной казны, превратившись в особую категорию чиновничества. Четыре пятых монастырей в Великороссии было упразднено в результате секуляризации монастырских владений. Ответом церкви на это стало возрождение и распространение в некоторых монастырях такого явления, как старчество.

В XIX веке наиболее значительными фигурами в церковной политике были митрополит Московский Филарет (Дроздов) и обер-прокурор Святейшего синода Константин Победоносцев. Первый, будучи блестящим проповедником, догматистом и администратором, сыграл значительную роль в становлении русской духовной школы, свободной от латинской схоластики. Второй, проводя охранительную политику и пользуясь значительным влиянием на Александра III, содействовал дальнейшей социальной изоляции духовенства и падению престижа Церкви в обществе. В XIX веке происходила почти полная секуляризация и отход от Церкви значительной части образованного слоя русского народа. Одновременно, в конце столетия наблюдалось заметное пробуждение интереса к религии в среде творческой интеллигенции, возникло движение за обновление церковной жизни и восстановления соборного начала в управлении, провозвестниками которого были Алексей Хомяков, Владимир Соловьёв, Лев Тихомиров и др. Владимир Соловьёв писал в 1881 году: «Собор Русской Церкви должен торжественно исповедать, что истина Христова и церковь Его не нуждается в принудительном единстве форм и насильственной охране … Отказавшись, таким образом, от внешней полицейской власти, церковь приобретёт внутренний нравственный авторитет, истинную власть над душами и умами. Не нуждаясь более в вещественной охране светского правительства, она освободится от его опеки и станет в подобающее ей достойное отношение к государству».

В конце XIX века проводились съезды епископов, посвящённые насущным вопросам, которые, впрочем, не имели статуса (поместного) собора. Так, в 1884 году состоялись два епископских съезда: одиннадцати юго-западных архиереев в Киеве против сектантства (штундизма) и совещание епископов в Петербурге о школе и вопросах обеспечения сельского духовенства. В 1885 году в Казани прошло совещание девяти епископов Поволжья для обсуждения мер против раскола, а также вопросов миссионерской деятельности среди инородцев Поволжья. В 1888 года в Киеве проводились масштабные торжества и собрания, посвящённые 900-летию крещения Руси. В 1897 и 1898 годах проводились миссионерские съезды в Казани и Одессе.

В 1901—1903 годах в Санкт-Петербурге проходили «религиозно-философские собрания» представителей светской интеллигенции и духовенства под председательством епископа Ямбургского Сергия (Страгородского); окончательно вызрела мысль о необходимости созыва Поместного собора и реорганизации высшего церковного управления. По Высочайшему Указу правительство во главе с графом Сергеем Витте в декабре 1904 года начало разработку законопроекта об укреплении начал веротерпимости, изданного Высочайшим манифестом 17 апреля 1905 года.

Следствием изменившегося законодательства стала ситуация, когда Православная церковь, лишившись своих прежних государственно-правовых привилегий, фактически оказалась в роли дискриминируемого исповедания, так как продолжала пребывать под прямым государственным контролем. Попытки первенствующего члена Синода Антония (Вадковского) найти пути для исправления ненормального положения торпедировались Победоносцевым.

Тем не менее, в ответ на начавшуюся в среде епископата дискуссию о каноническом строе церковного управления, 16 января 1906 года Николай II утвердил состав Предсоборного присутствия — комиссии по подготовке к Собору, — открывшегося 8 марта 1906 года. Последнее общее заседание Предсоборного присутствия состоялось 15 декабря 1906 года. После смуты 1905 года Двор рассматривал требования о созыве Собора как революционные настроения в «ведомстве православного исповедания». Высочайшим повелением от 28 февраля 1912 года учреждалось «при Святейшем Синоде постоянное, впредь до созыва собора, предсоборное совещание» (в более ограниченном составе, чем Присутствие, — для «всякого рода подготовительных к собору работ, в коих может оказаться необходимость»), председателем которого 1 марта император утвердил, по предложению Синода, архиепископа Финляндского Сергия (Страгородского). По смерти митрополита Санкт-Петербургского Антония (Вадковского) 2 ноября 1912 года, редакционная статья в правой газете «Московские ведомости» под заголовком «Соборное избрание первенствующего митрополита» призывала осуществить «это малейшее из малых восстановления канонического порядка», поясняя, что речь идёт не о Поместном соборе, но «епископском соборе» (преемник Антония был назначен обычным для синодальной эпохи порядком).

В конце данного периода возник ряд радикальных националистических и монархических, так называемых «черносотенных» организаций, опиравшихся в идеологии на русское православие: «Русское собрание», «Союз русского народа», «Русская монархическая партия», «Союз Михаила Архангела» и другие. В монархическом движении участвовали представители чёрного и белого духовенства, занимая руководящие посты в некоторых организациях до 1913 года, когда Святейшим синодом был издан указ, запрещавший духовенству заниматься партийной политической деятельностью.